Bien qu'il existe des exceptions liées à l'activité de recherche scientifique (voir, par exemple, à propos du principe du traitement loyal et transparent), les principes du droit de la protection des données personnelles s'appliquent aux traitements de données personnelles qui sont réalisés à des fins de recherche scientifique.

La notion de traitement de données à des fins de recherche scientifique doit être entendue largement. Elle recouvre notamment « le développement et la démonstration de technologies, la recherche fondamentale, la recherche appliquée et la recherche financée par le secteur privé ». –  Considérant 159 du Règlement général sur la protection des données

Par conséquent, le domaine scientifique de la recherche importe peu : 

• le traitement peut être réalisé lors de recherches en sociologie, en biologie ou d'études menées dans le domaine de la santé. –  Considérant 159 du Règlement général sur la protection des données. Pour ce qui concerne la collecte de données personnelles de santé, voir Données de santé ; Traitement ultérieur. Pour ce qui concerne leur conservation, voir Conservation des données personnelles de santé ;
• le traitement à des fins de recherche historique couvre les recherches historiques mais aussi généalogiques. – Considérant 160 du Règlement général sur la protection des données ;
• le traitement à des fins statistiques recouvre les opérations de collecte et de traitement de données à caractère personnel nécessaires pour des enquêtes statistiques ou la production de résultats statistiques. – Considérant 162 du Règlement général sur la protection des données

De même, le niveau de la recherche scientifique n'a aucune incidence sur l'application de la réglementation. La recherche en doctorat (thèse) ou en master (mémoire) sera concernée au même titre que la recherche conduite par des chercheurs en poste.

Enfin, le type de structure hébergeant la recherche scientifique n'est pas déterminant. Il peut ainsi s'agir d'un organisme de recherche, d'une université, d'une entreprise privée, d'un laboratoire de Recherche-Développement, etc.

En revanche, le type de données personnelles concernées par la recherche scientifique peut avoir une incidence sur la législation applicable. Certaines données, comme les données de santé, sont en effet soumises à une réglementation particulière, par exemple, pour ce qui concerne la durée de conservation (voir Conservation des données personnelles de santé).