De manière synthétique et concernant le domaine de la recherche scientifique, trois grands types de limites de nature à empêcher la communication ou la diffusion de documents administratifs, peuvent être mentionnés : 

• le secret, 
• les droits de la propriété littéraire et artistique, 
• le droit des données à caractère personnel et à la vie privée.

L’article L. 312-1-1, al. 1er du CRPA prévoit des exceptions à la diffusion des données publiques. L'article renvoie aux articles L. 311-5 et L. 311-6 du CRPA qui contiennent les exceptions au principe de communication des documents administratifs. 

Aux termes de l’article L. 311-5, 2° du CRPA, ne peuvent jamais faire l’objet d’une diffusion les documents portant atteinte : 

• au secret des délibérations du Gouvernement et des autorités responsables relevant du pouvoir exécutif 
• au secret de la défense nationale 
• à la conduite de la politique extérieure de la France 
• à la sûreté de l'État, à la sécurité publique, à la sécurité des personnes ou à la sécurité des systèmes d'information des administrations 
• à la monnaie et au crédit public 
• au déroulement des procédures engagées devant les juridictions ou d'opérations préliminaires à de telles procédures, sauf autorisation donnée par l'autorité compétente 
• à la recherche et à la prévention, par les services compétents, d'infractions de toute nature 
• ou aux autres secrets protégés par la loi en matière de communication d’informations relatives à l’environnement par exemple. – Article L. 124-4 du Code de l'environnement)

En outre, aux termes de l’article L. 311-6 du CRPA, certains documents ne peuvent être communiqués qu’à l’intéressé : 

• les documents dont la communication porterait atteinte à la protection de la vie privée, au secret médical et au secret des affaires, lequel comprend le secret des procédés, des informations économiques et financières et des stratégies commerciales ou industrielles et est apprécié en tenant compte, le cas échéant, du fait que la mission de service public de l'administration mentionnée au premier alinéa de l'article L. 300-2 du CRPA est soumise à la concurrence ;
• les documents portant une appréciation ou un jugement de valeur sur une personne physique, nommément désignée ou facilement identifiable ;
•  les documents faisant apparaître le comportement d'une personne, dès lors que la divulgation de ce comportement pourrait lui porter préjudice.

Les informations à caractère médical sont communiquées à l'intéressé, selon son choix, directement ou par l'intermédiaire d'un médecin qu'il désigne à cet effet, dans le respect des dispositions de l'article L. 1111-7 du Code de la santé publique.

Les documents et données ne peuvent être diffusés que sous réserve d’avoir fait l’objet d’un traitement permettant d’occulter les éléments relevant du secret ou de disjoindre les informations, sauf si l'opération aurait pour effet de faire perdre au document son intelligibilité.

Parmi les secrets énumérés par la loi, trois intéressent plus particulièrement les acteurs de la recherche scientifique : 

• le secret statistique. – Loi n° 51-711 du 7 juin 1951 sur l'obligation, la coordination et le secret en matière de statistiques
• le secret de la défense nationale. – Article 413-9 du Code pénal
• le secret des affaires. – Article L. 311-6, al. 1° du CRPA

Le secret des affaires comprend « le secret des procédés, des informations économiques et financières et des stratégies commerciales ou industrielles ». – Article L. 311-6, al. 1° du CRPA

L'article L. 311-4 du CRPA prévoit que les documents administratifs sont communiqués ou publiés sous réserve des droits de propriété littéraire et artistique portant sur des documents n'ayant pas déjà fait l'objet d'une première divulgation au sens de l'article L. 121-2 du Code de la propriété intellectuelle (Voir Droit d’auteur et Droit sui generis des bases de données).

Les données à caractère personnel produites ou reçues dans le cadre d’une mission de service public sont régies par le Code des relations entre le public et l’administration, la Loi informatique et libertés et le Règlement général sur la protection des données. - Article L. 311-6 du CRPA

Certaines données personnelles doivent être considérées comme couvertes par le secret dès lors qu’elles ont trait à la vie privée : état civil, date de naissance, âge, coordonnées personnelles, situation patrimoniale et financière, qualité de travailleur handicapé, formation initiale, horaires de travail, sympathies politiques, appartenance à un parti politique et croyances religieuses. – Article L. 311-6 du CRPA

Ceci signifie que la notion de vie privée couvre un périmètre moins large que la notion de donnée à caractère personnel.

Ces données ne sont pas communicables à des tiers et ne sont pas publiables. – CNIL et CADA, Guide pratique de la publication en ligne et de la réutilisation des données publiques, p. 15

Les documents administratifs qui contiennent des données à caractère personnel et qui ne sont pas couvertes par le secret ou dont la diffusion ne porterait pas atteinte à la vie privée ne peuvent pas être diffusées, sauf si : 

• les documents ont été anonymisés. – Article L. 312-1-2, al. 2 du CRPA
• les personnes ont donné leur consentement. – Article L. 312-1-2, al. 2 du CRPA
• une disposition législative contraire autorise la publication des documents. – Article L. 312-1-2, al. 2 du CRPA
• les documents administratifs relèvent de la catégorie des documents pouvant être rendus publics sans être anonymisés. – Article D. 312-1-3 du CRPA

Ces conditions sont des conditions alternatives.